问题一：有限责任公司公司账面上累积了400万元未分配利润，注销清算的时候自然人股东是否存在个税的风险？

答复：是的，根据财税〔2009〕60号公告的规定，不仅是未分配利润存在个税风险，注销清算时账面上若是有盈余公积等，也要按照实收资本中自然人股东占比来计算分红的个税。

参考：

根据《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）五、企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。

被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。

被清算企业的股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础。 

问题二：合伙企业公司账面上累积了400万元未分配利润，注销清算的时候自然人合伙人是否存在个税的风险？

答复：不存在个税的风险了，因为合伙企业属于先分后税，账面上累积了400万元未分配利润，属于已经缴纳完经营所得后的利润，再向合伙人分配的时候不再需要缴纳个人所得税了。

问题三：个人独资企业公司账面上累积了400万元未分配利润，注销清算的时候负责人是否存在个税的风险？

答复：不存在个税的风险了，因为个人独资企业账上的未配利润实际上就是已经纳税后的经营所得，不论在平时的分配还是注销清算时都不需要再交纳税款了。

参考：

《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的法规的通知》（财税[2000]91号）规定：

第三条，个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人（以下简称投资者）。

第四条，个人独资企业和合伙企业(以下简称企业)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品(产品)销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。 

第五条，个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额；合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。 前款所称生产经营所得，包括企业分配给投资者个人的所得和企业当年留存的所得(利润)。 

第十六条，企业进行清算时，投资者应当在注销工商登记之前，向主管税务机关结清有关税务事宜。企业的清算所得应当视为年度生产经营所得，由投资者依法缴纳个人所得税。